菩提祖师和镇元子在不同的文献中有着不同的描述和关系。
菩提祖师
菩提祖师是海外老仙，被认为是准提圣人的三尸之一。
菩提祖师在《西游记》中与天同寿，实力强大，与三清地位平列。
镇元子
镇元子是地仙之祖，修行的地点是西牛贺洲。
镇元子的门人不计其数，他的洞府有一句诗句：“长生不老神仙府，与天同寿道人家”。
结论：
从上述信息来看，菩提祖师和镇元子都是与天同寿的强者，且在西游记中，菩提祖师与天同寿的描述与镇元子的描述相吻合。因此，可以推断 菩提祖师和镇元子互相认识，但镇元子是否知道菩提祖师则没有明确的文献支持。
建议进一步查阅相关文献或咨询道教专家以获得更准确的答案。
