在《Angel Beats!》中，仲村由理的死因存在多种说法：
被入室强盗杀害：
在由理生前，她遭遇了惨剧，深爱的弟弟妹妹在30分钟之内就被入室强盗全部杀害。她之所以会来到“死后的世界”，部分原因是因为对弟弟妹妹的死感到自责。
车祸：
在故事的一个情节中，由理在考场途中被卷入电车事故并昏迷。苏醒后，她用自己的医学知识救助其他幸存者，并领导他们在出口坍塌的隧道中存活了7天。然而，在事故后当天寻找出口时，她发现自己脾脏破裂或肠破裂，最终因此死亡。
自杀：
虽然由理本人曾说过她不是自杀，并且音无也询问过她是如何死的，但她的死因并没有明确说明，存在多种猜测和假设。
综合以上信息，可以得出以下结论：
由理的死因在动画中并没有明确给出，存在多种猜测和假设。
一种说法是被入室强盗杀害，这是她来到“死后的世界”的主要原因之一。
另一种说法是在电车事故中因脾脏破裂或肠破裂而死亡。
由理本人曾否认自杀，但这一说法并未得到证实。
因此，仲村由理的死因在《Angel Beats!》中仍然是一个未解之谜。
