农业行政处罚程序各阶段的时间规定如下：
简易程序
表明身份：执法人员需向当事人出示执法证件。
查明事实：当场查清当事人的违法事实，视案情需要可进行检查，收集必要证据并填制《询问笔录》《现场检查勘验笔录》。
告知权利：告知当事人拟给予的行政处罚的内容及其事实、理由和依据，并告知其有权进行陈述和申辩，认真听取当事人陈述和申辩并制作相应的笔录。
作出处罚：填制《行政处罚（当场）决定书》，宣告后，当场交付当事人，并告知其依法申请行政复议或提起行政诉讼的途径和期限，由当事人在《农业行政执法文书送达回证》上签名或盖章，当事人拒签的，应当在处罚决定书上注明。
执行与备案：依据《行政处罚法》相关规定，执行或督促当事人履行《行政处罚（当场）决定书》，并在规定时间内将案件有关材料交至所属农业行政处罚机关，填制《行政处罚结案报告》并立卷、归档。
一般程序
立案：执法人员发现公民、法人或者其他组织有违法行为，依法应当给予行政处罚的，填写《行政处罚立案审批表》，报行政机关负责人批准，符合条件的应在七日内予以立案。
调查取证：执法人员不得少于二人，全面、客观、公正地调查，收集证据，如书证、物证、视听资料等，并制作相应笔录；必要时可抽样取证、先行登记保存证据，对专门性问题交由鉴定部门鉴定。
审理：承办人员调查终结后，整理分析证据材料，提出处理意见，填制《案件处理意见书》，重大行政处罚决定需报局法制机构法制审核后，提交局领导班子集体讨论决定，再报局长审批。
作出决定：行政机关应当自行政处罚案件立案之日起九十日内作出行政处罚决定。法律、法规、规章另有规定的，从其规定。
其他补充规定
办案时限：新处罚法规定办案时限为九十日，而农业处罚程序规定为6个月（特殊经报批延长6个月）。
证据收集与保存：在调查或检查时，执法人员不得少于两人，并应当向当事人或有关人员出示证件。当事人或有关人员应当如实回答询问，并协助调查或检查，不得阻挠。询问或检查应当制作笔录。行政机关在收集证据时，可以采取抽样取证的方法；在证据可能灭失或者以后难以取得的情况下，经行政机关负责人批准，可以先行登记保存，并应当在七日内及时作出处理决定，在此期间，当事人或有关人员不得销毁或转移证据。执法人员与当事人有直接利害关系的，应当回避。
这些规定确保了农业行政处罚程序的公正、公平和高效。各阶段的时间限制和程序要求都有明确的条文支持，保障了当事人的合法权益和行政效率。
