DNA甲基化是一种重要的表观遗传修饰方式，它通过以下几种机制影响基因表达调控：
抑制基因转录：
DNA甲基化通常发生在基因启动子区域的CpG岛上，这种甲基化可以阻止转录因子的结合，从而抑制基因的转录。甲基化程度较低时，可能不影响蛋白结合到DNA的启动子区域来启动转录，使基因表达。然而，当DNA的CpG岛被甲基化后，蛋白不能结合DNA，导致转录沉默，基因不表达。
改变染色质结构：
DNA甲基化可以招募染色质重塑复合物和组蛋白去乙酰化酶（HDACs），导致染色质结构变得更加紧密，从而阻碍转录机器的进入。
影响组蛋白修饰：
DNA甲基化可以影响组蛋白的修饰状态，如H3K9和H3K27的甲基化，这些组蛋白修饰与基因沉默相关。
调控非编码RNA：
DNA甲基化还可以调控非编码RNA的表达，如长链非编码RNA（lncRNA）和微小RNA（miRNA），进而影响基因表达的调控网络。
影响转录因子的结合：
某些转录因子的结合位点内含有CpG序列，甲基化以后直接影响了蛋白质因子的结合活性，不能起始基因转录。
间接影响转录因子与DNA的结合：
甲基化通过改变染色质的构象或者通过与甲基化CpG结合的蛋白因子间接影响转录因子与DNA的结合。
遗传印记：
DNA甲基化参与遗传印记过程，这是一种基因表达的表观遗传调控，导致某些基因根据其亲本来源的不同而有选择性地表达。
DNA甲基化与X染色体失活：
失活的染色体上绝大多数基因都处于关闭状态，DNA序列都呈高度甲基化。
通过这些机制，DNA甲基化在细胞发育、分化、基因表达调控以及环境胁迫响应中发挥着至关重要的作用。DNA甲基化通过改变DNA的结构和组织，从而调控基因的表达和功能，这种调控方式在不改变基因序列的前提下实现对基因表达的调控。
