《仙剑奇侠传三》的剧情主要围绕渝州城永安当的小伙计景天和唐门大小姐唐雪见的相识、相知以及共同面对江湖的血雨腥风展开。两人因随身玉佩的吸引而相识，成为欢喜冤家，并逐渐揭示出彼此的身世和秘密。随着雪见家族的剧变，他们一同踏入江湖，结识了徐长卿、紫萱和龙葵等人，并一同寻找五灵珠以封印锁妖塔。
故事背景设定在《仙剑奇侠传》第一代的五十年前，当时李三思刚刚出生，巫后还是婴儿，剑圣尚未拜入蜀山修仙。剧情的起因是锁妖塔顶端突然坍塌，封印被解除，而更深层次的因果则追溯到千年前的神界。神将军飞蓬与魔将军重楼因两界冲突而屡屡交手，最终飞蓬被贬入人间，成为渝州唐门新安当铺的伙计景天。重楼则窥探人间，发现飞蓬的转世如此平凡，于是滋扰蜀山，毁坏锁妖塔，并将魔剑交给景天。
在寻找五灵珠的过程中，景天和雪见经历了许多波折和挑战，包括家族内部的斗争、江湖恩怨以及神魔人三界的爱恨情仇。他们的爱情在经历了一系列的磨难后逐渐升温，但同时也面临着命运的无奈和悲剧。最终，他们和其他伙伴一起努力，成功封印了锁妖塔，但故事以全员悲剧收场，给观众留下了深刻的印象。
整个剧情丰富多彩，情感与命运的牵绊成为推动剧情发展的核心元素。剧中的人物身藏几世的秘密，错综复杂的关系使得剧情层次分明，悬念迭起。通过一系列的故事情节，人物的性格与成长历程得到了充分的展现，使得《仙剑奇侠传三》成为了一部经典的仙侠剧作。
