扎龙湿地的保护方法主要包括以下几点：
水资源监测与管理
加强水资源的监测，有效控制水环境，制定节水计划，发展节水型农业技术，使工业用水得以循环利用。
应急补水
自2001年起，扎龙国家级自然保护区开展应急补水，通过人工方式将嫩江的水引到扎龙湿地，以维持湿地的基本需水量。2009年，黑龙江省政府牵头建立长效补水机制，每年投入专项资金实施人工补水。
农业景观布局调整
调整农业景观布局，减少农业旱田，以减轻对湿地的压力。
水利设施改建
改建东升水库等水利设施，以改善湿地的水资源状况。
生态移民政策
实施生态移民政策，减少人类活动对湿地的干扰。
建立湿地水生态环境监测系统
建立完善的水生态环境监测系统，实时监测湿地的水质、水量、植被等状况，为科学保护提供数据支持。
完善环保水利政策
制定和完善环保水利政策，确保湿地保护工作的顺利进行。
这些保护措施旨在通过综合手段，恢复和改善扎龙湿地的生态环境，保护其生物多样性，确保这一珍贵的自然保护区得以持续发展。
