发酵中的培养基可以根据不同的分类方法分为以下几类：
按培养基的物理状态分类
液体培养基：广泛用于微生物学实验和生产，在实验室中主要用于微生物的生理、代谢研究和获取大量菌体，在发酵生产中绝大多数发酵都采用液体培养基。
固体培养基：在液体培养基中加入凝固剂（如琼脂、明胶、硅胶等）制备成固态培养基。固体培养基常用于菌种的分离、纯化和保存，以及观察微生物的生长情况。
半固体培养基：在液体培养基中加入少量凝固剂（如0.2%至0.5%的琼脂）而制成的半固体状态的培养基。半固体培养基有许多特殊的用途，如可以通过穿刺培养观察细菌的运动能力，进行厌氧菌的培养及菌种保藏等。
按培养基的成分分类
合成培养基：也称基本培养基，其各种成分完全是已知的各种化学物质。这种培养基的化学成分清楚，组成成分精确，重复性强，但价格较贵，而且微生物生长较慢。
天然培养基：由天然物质制成，如蒸熟的马铃薯和普通牛肉汤。这类培养基的化学成分很不恒定，也难以确定，但配制方便，营养丰富，因此常被采用。
半合成培养基：在天然有机物的基础上适当加入已知成分的无机盐类，或者在合成培养基的基础上添加某些天然成分。这类培养基能更有效地满足微生物对营养物质的需要。
按培养基的使用目的分类
种子培养基：用于制备发酵用种子，营养丰富，氮源充足，使菌体能够快速生长。
发酵培养基：用于生产发酵产物的培养基，根据产物分子的不同（如碳元素或氮元素为主），调整碳源和氮源的含量。
补料培养基：在发酵过程中补充营养物质，以保证菌体按照要求生长和生产。
基础培养基：仅能满足微生物野生型菌株生长需要的培养基，也称为最小培养基（minimal medium）。
鉴别培养基：根据某些特性能够区分出某种或某类菌的培养基，例如革兰氏阳性和阴性。
选择性培养基：仅能够容许具有某些特性的菌株生长的培养基。
这些分类方法有助于根据不同的实验和生产需求选择合适的培养基类型。
