《凰图腾》的大结局剧情如下：
风燕和彩蝶的关系：
风燕和彩蝶在经历了一系列的误会和波折后，最终解开了心结。风燕意识到自己一直误会了彩蝶，彩蝶也放下了对风燕的报复心理，两人决定共同帮助段飞鸿夺得皇位。
段飞鸿的牺牲：
段飞鸿在关键时刻选择投降，以保护风燕和彩蝶，最终被皇上扣押在天牢。他在牢中表现出了对彩蝶和风燕的深深牵挂，并不后悔自己的决定。
皇上的决定：
皇上在得知段飞鸿的投降后，为了成全他们，私下放走了风燕、彩蝶和段飞鸿，并宣布世上再无靖王李越这个人。
风燕的结局：
风燕最终回到了皇上的身边，并成为了皇后。太后为了救皇上牺牲，风燕在怀孕后诞下了太子，最终被册封为皇后。
彩蝶和段飞鸿：
虽然段飞鸿被释放，但剧情中并未明确说明他最终的去向，只提到风燕和彩蝶离开了皇宫，开始了新的生活。
综合以上信息，可以得出《凰图腾》的大结局是风燕和彩蝶离开皇宫，风燕成为皇后，段飞鸿被皇上释放，三人的命运各有归宿。
