仙剑五前传中夏侯瑾轩最后刺了瑕一剑的原因是多方面的，主要可以归纳为以下几点：
无法挽救瑕
夏侯瑾轩在最后一刻意识到，尽管枯木的魂魄能够从瑕的身体中出来，但瑕的身体已经因为之前的伤势无法恢复，最终无法挽救。
消灭枯木
瑕的身体被枯木占据，而枯木是夏侯瑾轩的仇人和一切事件的幕后黑手。为了彻底消灭这个敌人，夏侯瑾轩选择了刺向瑕。
同生共死
夏侯瑾轩对瑕的感情极为执着，当瑕中剑跌下山崖时，他选择了同生共死，随她而去。这一行为也反映了他对爱情的固执和偏执。
无奈之举
夏侯瑾轩在万般无奈之下，捡起了瑕的佩剑刺向了她。这一选择既是他对无法挽救瑕的绝望，也是他为了消灭枯木而做出的最后努力。
综合以上几点，夏侯瑾轩刺瑕一剑是他处于无奈和绝望中的选择，既是为了挽救瑕，也是为了消灭枯木这个最后的敌人。
