《口袋妖怪金银》中的隐藏剧情包括以下几个：
雪拉比穿越时空事件
触发条件：雪拉比的捕获时等级为30，获得地点为口袋电影10（编号3008），出身地为城都地区的金或银。
剧情内容：主角带着特别的雪拉比来到暗森林与小庙对话，触发剧情后，雪拉比将主角带回到3年前。在这个剧情中，主角可以了解到红发对手正是阪木的儿子，三年前阪木被小智击败后隐忍修炼，三年后准备重出江湖。最终，主角战胜阪木，阪木在失望中离去。
神秘水晶事件
触发条件：通过任天堂官方活动获得神秘水晶。
剧情内容：将神秘水晶带到尼比市博物馆，与宝石系列的冠军代后对话，换得心之水滴。之后，会出现另外一只水都。
阿鲁夫遗迹，创世神事件
触发条件：创世神的捕获时等级为100，获得地点为口袋电影09（编号3007）。
剧情内容：带着创世神（命运邂逅）去阿鲁夫遗迹，会触发剧情。剧情过后，主角会被传送到信徒遗迹。出门与山男对话，进屋后看见珍珠钻石的冠军西罗娜。把除阿尔塞斯的所有PM存入电脑后，带着阿尔赛斯随西罗娜重回信徒遗迹，在三个地方选择一个地方站立，站立的地方与剧情之后得到的PM有关。
叉耳皮丘剧情
触发条件：有“命运一般相遇”的闪光皮丘。
剧情内容：将皮丘放在队伍第一位至桐树林的神社处调查神社，叉耳朵皮丘会从里面出来，并且和闪光皮丘成为好朋友，加入队伍一起旅行。最后，看守桐树林的老人会讲述有关拥有穿越时间能力的精灵传说。
这些隐藏剧情为玩家提供了丰富的游戏体验和额外的挑战，建议有兴趣的玩家尽量去探索和完成这些剧情。
