《造梦西游3》的故事主要围绕孙悟空、唐僧、猪八戒和沙僧四人西天取经的冒险经历展开。以下是该游戏的主要剧情概述：
孙悟空大闹天宫
孙悟空因不满天庭的待遇，引发了一场混乱，最终被压在五指山下。
取经使命
唐僧被唐王派往西天取经，途中先后收服了孙悟空、猪八戒和沙僧作为徒弟。
闯盘丝洞与火焰山
唐僧师徒在取经途中闯入盘丝洞，与28星宿发生冲突，最终利用弹力网将他们打回天宫。
在火焰山，唐僧师徒与铁扇公主和牛魔王交战，最终孙悟空借来芭蕉扇将天兵天将全部烫死。
大闹天庭
孙悟空发现天兵天将损失惨重，决定再次闯入天庭，最终被二郎神发现并被封印。
唐僧师徒在昆仑山歇息后，决定再次挑战天庭，最终成功解救玉帝。
挑战邪恶BOSS
在取经的过程中，师徒四人历经九九八十一难，不断挑战各种邪恶BOSS，包括牛魔王、铁扇公主、二郎神等。
最终决战
在碧游宫中，师徒四人最终打败了黑衣人，发现幕后黑手是通天教主。
通天教主打破了十二祖巫的封印，导致人间再次遭受苦难。师徒五人在小白龙的帮助下，继续拯救人间，故事由此转入《造梦西游4》的洪荒大劫篇。
这些剧情构成了《造梦西游3》的主要故事线，玩家在游戏中需要不断挑战各种关卡和BOSS，最终完成取经任务。
