《名侦探柯南》的完整目录如下：
1996年
001 云霄飞车杀人事件
002 董事长千金诱拐事件
003 偶像密室杀人事件
004 大都会暗号地图事件
005 新干线大爆破事件
006 情人节杀人事件
007 每月一件礼物威胁事件
008 美术馆杀人事件
009 天下第一夜祭杀人事件
010 足球选手恐吓事件
011 钢琴奏鸣曲《月光》杀人事件
012 步美被绑架事件
013 奇怪的寻亲杀人事件
014 谜样的讯息狙击事件
015 消失的尸体杀人事件
016 古董收藏家杀人事件
017 百货公司挟持事件
018 六月新娘杀人事件
019 电梯杀人事件
020 鬼屋杀人事件
021 电视台外景队杀人事件
022 豪华客轮连续杀人事件（前篇）
023 事件
026 爱犬约翰杀人事件
027 小五郎同学会杀人事件（前篇）
028 小五郎同学会杀人事件（后篇）
029 计算机杀人事件
030 不在场证明杀人事件
031 电视台杀人事件
032 咖啡厅杀人事件
033 侦探团生还事件
034 山庄绷带怪人杀人事件（前篇）
035 山庄绷带怪人杀人事件（后篇）
036 星期一晚上 7:30 杀人事件
037 仙人掌花杀人事件
038 赤鬼村火祭杀人事件
039 企业家千金杀人事件（前篇）
040 企业家千金杀人事件（后篇）
041 优胜锦旗被割事件
042 卡拉 OK 厅杀人事件
1997年
043 江户川柯南诱拐事件（父母知道变小）
044~045外交官杀人事件（平次登场，第一次恢复）
046~047电玩公司杀人事件（组织）
048~049 外交官杀人事件（平次登场，第一次恢复）
050~051 钢琴奏鸣曲《月光》杀人事件
052~053 博物馆馆长杀人事件
054~055 电玩公司杀人事件（组织）
056~057 福尔摩斯迷杀人事件（平次知道身份）
058~059 黑衣组织
