沪宁城际铁路与京沪高铁南京至上海段 不是同一条线。以下是具体的区别和解释：
线路走向和站点设置
沪宁城际铁路主要服务于长三角地区的短途城际客流，设站较多，站间距较小，且主要接入位于市中心的既有站。
京沪高铁主要承担本区域与淮海地区和华北地区之间的长途客流，设站较少，不进入市中心，一般在市郊另设新站，线路较为顺直。
建设目的和运营
沪宁城际高铁线路比京沪高铁线路绕，且各车站紧靠原京沪线火车站（除昆山南站），而京沪高铁站大多远离城市，为新站。
京沪高铁的设计最高时速能达到400公里/小时，目前测试最快的速度是390公里/小时，体现了压缩长途旅客运输时间的要求。
并行与独立
两条铁路基本上是平行位置，但相距不远，车站设置也不同，不存在共线的情况。
沪宁城际和京沪高铁在施工中也是完全独立的，只有镇江和上海两处立体交叉结构，以及黄渡枢纽一处存在联络线，可视为平面交叉。
综上所述，沪宁城际铁路与京沪高铁南京至上海段虽然都服务于南京和上海之间的铁路交通，但它们在走向、站点设置、建设目的和运营方式上均有明显的区别，因此不是同一条线。
