南京火车站的主要缺点包括：
南北广场不互通：
南京站的南北广场没有直接连接通道，乘客需要刷卡两元钱才能从一个广场到达另一个广场，或者选择绕行至少10分钟。
候车体验差：
有观点认为南京站的候车体验较差，例如在31度的天气下，候车室没有空调，且候车室多而乱，不通用。
设施不足：
有乘客反映南京站的座位和厕所数量较少，且厕所门形同虚设。
易混淆：
由于南京南站的位置和名称问题，很多乘客会误将南京南站当作南京站，导致下错站，给旅客带来不便。
设计缺陷：
南京站虽然被誉为全国最美火车站，但其设计存在缺陷，如地下三层和地上三层的构造使得南北广场无法直接互通，给乘客带来不便。
建议南京火车站改善南北广场的连接通道，增加候车室的空调设施，优化候车环境，并加强乘客引导，避免误站情况的发生。
