在电影《李米的猜想》中，方文最后选择死亡的原因是多方面的：
理想与现实的冲突：
方文深爱着李米，但为了追求理想中的生活，他不得不放弃与李米共度的美好时光。这种理想与现实的巨大冲突使他陷入了深深的痛苦和挣扎。
保护李米：
方文知道，如果自己被毒枭和警察抓获，李米将会陷入极大的危险之中。为了保护李米，他选择了牺牲自己，希望以自己的死来换取李米的安全。
自我救赎：
方文在生命的最后一刻，希望通过自己的牺牲来完成自我救赎，弥补自己对李米的亏欠，也是对自我良心的慰藉。
避免连累他人：
方文在临死前告诉菲菲永远也不要告诉李米这件事，不要让李米知道自己是怎样的人。这表明他不想让李米卷入更多的麻烦和危险之中。
综上所述，方文最后选择死亡，是因为他希望在生命的最后时刻，既能保护李米，又能完成自我救赎，同时避免给李米带来更多的痛苦和困扰。
