涉密信息系统集成资质甲级与乙级的主要区别体现在以下几个方面：
业务范围与权限
甲级资质：单位可以在全国范围内从事绝密级、机密级和秘密级信息系统集成业务，具有更广泛的权限和更高的要求。
乙级资质：单位可以在全国范围内从事机密级和秘密级信息系统集成业务，但需要在业务所在地的保密局进行报备。
组织架构与保密机制
甲级资质：申请单位需设立专门的保密机构，负责涉密信息系统集成的保密工作，确保信息安全。
乙级资质：申请单位不需要设立专门的保密机构，但需在项目管理过程中注重保密工作。
技术能力与管理水平
甲级资质：单位在技术实力、管理水平以及保密措施等方面都达到了国家最高标准，能够承担最为复杂和敏感的涉密信息系统集成任务。
乙级资质：单位在技术水平和管理能力上可能稍逊于甲级单位，但仍需严格遵守国家保密法律法规，确保涉密信息的安全。
地域限制
甲级资质：单位不受地域限制，可以在全国范围内开展业务。
乙级资质：单位只能在注册地的省、自治区、市行政区域内开展业务。
申请条件
甲级资质：要求更为严格，涉及注册资本、系统集成收入总金额、人员数量和资格等方面。
乙级资质：要求相对较宽松，但仍需满足一定的条件，如依法成立3年以上、有良好的诚信记录等。
总结：
甲级资质和乙级资质在涉密信息系统集成领域的主要区别在于业务范围与权限、组织架构与保密机制、技术能力与管理水平、地域限制以及申请条件。甲级资质在各方面要求更高，适用于承担高级别涉密信息系统集成的单位；而乙级资质则适用于在特定地域内从事机密级和秘密级信息系统集成的单位。
