南京栖霞寺确实保存着舍利，具体如下：
唯一一颗释迦牟尼头盖骨舍利 ：栖霞寺保存着世界上唯一一颗释迦牟尼头盖骨舍利。
舍利塔的历史与结构
栖霞寺舍利塔为南唐遗物，是长江以南最古石塔之一，是我国最大的舍利塔。
塔始建于隋代，隋仁寿二年（602年），隋文帝命天下八十三州建仁寿舍利塔，栖霞寺为其一。
塔为八角五级石塔，高约十五米，基座围以勾线造石栏杆，塔身下须弥座各面浮雕释迦八相。
舍利塔的保存与维修
1993年11月中旬，南京栖霞寺舍利塔抢救维修工程竣工，塔高18米，由石灰岩和大理石结合而成。
2010年，释迦牟尼佛顶骨舍利在南京栖霞寺盛世重光。
综上所述，栖霞寺不仅保存着珍贵的释迦牟尼头盖骨舍利，而且其舍利塔也是我国佛教建筑中的杰作，具有极高的历史和文化价值。
