是的，在《西游记》原著中，如来佛祖在降服孙悟空后，确实选择了圆寂。以下是一些具体的原文依据：
1. 如来在安天大会后返回灵山，对众道：“我以甚深般若，遍观三界。根本性原，毕竟寂灭。同虚空相，一无所有。殄伏乖猴，是事莫识，名生死始，法相如是。”说罢，放舍利之光，满空有白虹四十二道，南北通连。大众见了，皈身礼拜。少顷间，聚庆云彩雾，登上品莲台，端然坐下。
2. 如来佛祖降服孙悟空后回到西天灵山，众佛和手下都来迎接，而如来佛祖跟他们一开始说的话就是他肉身要圆寂寂灭后准备涅槃重生的肉身临终遗言，但是他的精神和法身并不灭。
3. “根本性原毕竟寂灭”这句话出自佛教经典《大涅槃经》，该段经文本是佛祖涅槃前的咒语，也算是佛祖临死前的遗言。如来佛祖放舍利之光，大家都知道，舍利是高僧圆寂涅槃后的产物，这句话暗示了如来已经死亡。
综合以上内容，可以明确得出结论：在《西游记》原著中，如来佛祖在降服孙悟空后，选择了圆寂，并且他的精神和法身并不灭，而是涅槃重生。
