第三军医大学未能进入211工程的原因主要有以下几点：
名额限制：
在211工程的立项初期，由于名额有限，每个省份或地区只能有一个名额。第三军医大学虽然实力较强，但由于名额分配的问题，未能获得这一资格。
政策因素：
在军改之前，第三军医大学作为一所军事院校，其发展受到政策的影响。当时的规定导致只有两个211名额分配给四个军医大学，最终第一军医大学和第三军医大学未能入选。
地域分配：
在川渝分家时，整个重庆地区只分配到了一个211名额，这个名额最终落在了重庆大学手中，导致第三军医大学未能获得这一荣誉。
评选标准：
军事院校在评选211工程时，与其他院校不同，其评选标准并不完全侧重于学术实力，而是更多地考虑军事用途和战略需求。因此，尽管第三军医大学在医学界享有很高的声誉，但由于其军事性质，未能在211工程的评选中脱颖而出。
综上所述，第三军医大学未能进入211工程主要是由于名额限制、政策因素以及地域分配等多方面的原因。尽管如此，该校在医学领域依然具有很高的声誉和发展潜力。
