在新还珠格格的剧情中，晴儿确实 怀有身孕。具体情节如下：
1. 在第81集中，柳青照顾金琐期间，两人产生微妙情愫，彼此明白了对方心意。箫剑和晴儿也决定离开客栈寻找失散的同伴。为了躲避追捕，箫剑让晴儿扮作孕妇，成功躲过了一次盘查。
2. 在第98集中，晴儿和箫剑离开皇宫，前往大理。此时，晴儿已经怀孕，并且将在回大理后生下孩子。
3. 在大结局中，紫薇和尔康回到皇宫，老佛爷承认了紫薇，封她为明珠格格，并赐婚给尔康。在绵亿满月后，永琪离开皇宫，要到大理找小燕子。此时，晴儿已经怀孕，并且已经生下了孩子。
综上所述，晴儿在大结局中是怀有身孕的，并且最终生下了一个儿子。
