《生化危机5》的故事背景设定在20世纪60年代，奥兹威尔·E·斯宾塞在非洲发现了始祖病毒，并与马库斯等人开始研究这种病毒。主角克里斯加入了新的组织BSAA（生物安全反恐组织），并受命到沙漠地区调查世界末日计划。在调查过程中，克里斯和他的搭档谢娃发现了斯宾塞发现始祖病毒的地方和该处的地下研究所，并发现威斯克借着某种病毒复活且获得了异于常人的力量。克里斯了解到威斯克是想将Urobros散播到全世界，为了阻止他，克里斯与之展开大战。最终，吉尔和乔许开着直升机前来支援，克里斯和谢娃靠着直升机上的火箭筒，将威斯克葬身在岩浆中。
故事发生在《生化危机》洋房危机10年后，舞台搬到了人类发源地非洲。在这片炎热的大地上，克里斯将与新搭档谢娃共同面对潜藏于黑暗大陆的神秘生化危机。登场敌人包括生化僵尸犬、貌似巨型蝙蝠的全新登场生化合成怪兽，以及受到寄生而失去理智成为嗜血杀人狂的电锯人、巨斧刽子手等。
此外，故事中还涉及了三联药业和Umbrella公司的阴谋，以及克里斯与吉尔之间的旧日情谊和新的合作。
